Ниндзя не только выполняют функцию военных, защищая свою страну, но и предлагают свои услуги за деньги. Каждый день клиенты посещают Скрытые Деревни, чтобы воспользоваться услугами ниндзя. Их задания могут варьироваться по сложности - начиная от поиска пропавшей кошки или работы в огороде до заказного убийства. В некоторых случаях Глава Деревни или Джонин-наставник могут назначать неоплачиваемые миссии, если того требует ситуация.
Все миссии различаются в зависимости от сложности по 5 классам: S, A, B, C и D и распределяются между исполнителями в зависимости от их мастерства. Если миссия выполняется успешно, то деревня получает деньги от клиента. Миссии уровня D - самые безопасные и не несут риска для жизни. Их поручают исключительно Генинам. D - миссии также помогают команде сработаться и подготовиться к более сложным заданиям. Эти миссии не предполагают ведения боя с кем-бы то ни было и, разумеется, являются самыми низкооплачиваемыми.
Задания уровня C выполняют Чунины и опытные Генины. К уровню C относится конвоирование, охрана обозов и другие задания не предполагающие контакта с ниндзя. При этом существует вероятность нападения обычных людей - воров, бандитов и т.д.
Миссии уровня B поручаются Чунинам и Джонинам-специалистам. Они также включают в себя работу в качестве телохранителя, сбор необходимой информации, а также убийство других ниндзя. Как правило, эти миссии не предполагают большого числа сражений с высококвалифицированными противниками.
Уровень A - сложные задания, которые поручают ниндзя уровня не ниже Джонина-специалиста. Это могут быть важные задания по взаимодействию с представителями других стран, эскорт VIP-персон, а также бой с другими ниндзя. Таким образом, задания группы А несут прямую угрозу для жизни, редки и очень высокооплачиваемы.
Сложнейшие задания - ранг S. Эти миссии поручаются исключительно Джонинам, или даже целым отрядам состоящим из Джонинов. Подобные задания могут включать убийство криминальных авторитетов, доставку важнейших документов, а также конфронтацию с представителями других Деревень.